多能干细胞可以来源于囊胚内细胞团（早期胚胎），称为胚胎干（ES）细胞，也可以由体细胞经转录因子（包括Oct3/4，SOX2，KLF4和c-myc基因）诱导而来，称为多能干（iPS）细胞。这些细胞能够自我更新、分化和衍化成三个胚层：外胚层，中胚层和内胚层。
此外，间充质干细胞是多能干细胞，可以分化成多种类型的细胞，包括成骨细胞、软骨细胞和脂肪细胞。
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